A la suite de l'affaire des placements douteux de la trésorerie de l'éco-organisme français, révélée en 2008, Eco-Emballages annonce avoir déposé plainte, le 30 juin 2009, auprès de la section financière des services du Procureur de la République de Nanterre.

Cette démarche s’inscrit dans la continuité des actions engagées par les administrateurs et la nouvelle Direction Générale d’Eco-Emballages pour faire toute la lumière, en toute transparence, sur ce dossier et dans leur détermination constante à prendre toutes les mesures permettant de protéger les intérêts de la société. Eco-Emballages affirme qu'il apportera son entier concours aux actions qui seraient décidées par le parquet.