Sur proposition de Michel Barnier, Philippe Mauguin a été nommé Directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture (DPMA) en Conseil des Ministres du 20 mai 2009. Il succède à Sylvie Alexandre,  Ingénieur général du génie rural, des eaux et des forêts, qui assurait ces fonctions depuis avril 2008.

Ingénieur en chef du génie rural, des eaux et des forêts, Philippe Mauguin était directeur régional et interdépartemental de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt d'Ile-de-France depuis juin 2006.
Il a auparavant occupé les fonctions de directeur de l'Institut national des appellations d'origine (Inao) de 2002 à 2006.

Il a également été conseiller pour l'agriculture, la forêt et l'alimentation  au cabinet du Premier ministre de 1997 à 2001.

De 1993 à 1997, il a été directeur de l'agriculture et des bioénergies à l'ADEME puis a dirigé le groupement d'intérêt scientifique AGRICE (agriculture pour la chimie et l'énergie). Philippe Mauguin devient responsable du secteur agro-alimentaire puis conseiller technique du Ministre chargé de la recherche industrielle et de l'énergie de 1989 à 1993.

Il a débuté sa carrière comme chercheur au centre de sociologie de l'innovation de l'école des Mines de Paris, de 1987 à 1989.
Philippe Mauguin est ancien élève de l'Institut national agronomique de Paris-Grignon et de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et forêts.